Zaštita šuma i šumskog zemljišta jedna je od osnovnih djelatnosti Javnog preduzeća. Obzirom na sve veću ugroženost šuma, ovom segmentu se posvećuje posebna pažnja. U okviru djelatnosti Javnog preduzeća, redovno se provode aktivnosti na zaštiti šuma od protivpravnog djelovanja, zaštiti šuma od biljnih bolesti i štetočina, zaštiti šuma od požara.